首先，亚马逊店铺在国内运营，需要缴纳的税种主要有两个：增值税和企业所得税。其中，增值税是指商品销售产生的税款；企业所得税则是指企业所得利润的税款。
对于亚马逊卖家来说，需要缴纳的主要是增值税。具体而言，根据我国《增值税法》规定，对于从事销售货物的纳税人，应当按照销售额减去销售成本后的差额计算缴纳增值税。因此，亚马逊卖家的增值税缴纳就与其销售额息息相关。而亚马逊平台会依据卖家销售成交额或者商品类别等进行收取一定的服务费用，这部分费用也是属于卖家的销售成本之一，需要在增值税计算中进行扣减。
除了增值税，亚马逊卖家还需缴纳企业所得税。根据我国《企业所得税法》规定，对于企业的所得利润应当缴纳企业所得税。在亚马逊卖家的情况下，所得利润就是指卖家从销售中获得的收益。这里需要注意的是，按照我国的税收政策，只有企业的年度纯利润超过12万元时，才会开始计算缴纳企业所得税。
此外，亚马逊卖家还需注意到税收申报和缴纳时间的问题。根据国家相关规定，增值税和企业所得税都必须按月申报、按季度缴纳。具体而言，每月20日前，要对上一个月的增值税和企业所得税进行申报；每季度15日前，要对上一个季度的增值税和企业所得税进行缴纳。
最后，需要提醒卖家的是，亚马逊作为跨境电商平台，其涉及到的税收问题还有相当复杂的一面。如进口关税、消费税、个人所得税等问题，都需要卖家在经营中留意和妥善处理。
综上所述，亚马逊店铺在国内运营需要缴纳的主要税种就是增值税和企业所得税。这些税种的具体交纳方式和标准需要卖家认真了解并进行合理的申报和缴纳。同时，卖家还需注意到跨境电商涉及到的复杂税收问题，以确保自己的经营顺利进行。
